Προθερμάνετε το φούρνο στους 180°C.

Ξεφλουδίστε τη γλυκοπατάτα, κόψτε την σε μεγάλους κύβους και βράστε την σε νερό για 15 λεπτά μέχρι να ψηθεί. Στραγγίστε, προσθέστε και τα φασόλια και πολτοποιήστε. Προσθέστε αλάτι και πιπέρι. Σε μια μέτρια κατσαρόλα με άφθονο κοχλαστό νερό, προσθέστε τον κύβο λαχανικών. Αφού διαλυθεί, προσθέστε τα ζυμαρικά και μαγειρέψτε ακολουθώντας τις οδηγίες της συσκευασίας. Αφού ψηθούν, στραγγίστε τα και αφήστε τα στην άκρη. Εν τω μεταξύ, σε ένα μεγάλο πυρίμαχο τηγάνι, λιώστε το βούτυρο και προσθέστε το κρεμμύδι. Μόλις ροδίσει, προσθέστε τον πουρέ γλυκοπατάτας και φασολιών και τη σκόνη λαχανικών. Προσθέστε το γάλα και όταν ζεσταθεί το μίγμα προσθέστε και τα μακαρόνια, 1 φλιτζάνι από το τυρί και το μοσχοκάρυδο. Ανακατέψτε καλά μέχρι να λιώσει το τυρί. Σε ένα μικρό μπολ ανακατέψτε τη φρυγανιά με το υπόλοιπο 1/2 φλιτζάνι τυρί. Πασπαλίστε από πάνω τα ζυμαρικά και ψήστε στο φούρνο για 20 λεπτά ή μέχρι να ροδίσει η επιφάνεια.